三軍總醫院北投分院前身為衛戍病院北投分院，最初於1898年成立，早期作為慢性病患的轉地療養所，反映了北投溫泉最初是作療養使用。2010年出版的《修復再利用計畫階段成果報告書》指出，建物調查時發現1933年增改建的竣工銘牌，確認了該建築日治時期最後修建的時間。1911年水道鋪設時，也明確指出管線須行經衛戍病院，並於北側設置蓄水槽以備不時之需，今日蓄水槽位置仍為自來水公司所有，目前改作新民加壓站使用，可見當時北投分院的重要性。